Sekolah Kebangsaan Sipinong mula dibina pada tahun 1973 di atas tanah bukit berkeluasan 2.5 ekar milik arwahyarhamah Aguah Binti Iting. Kerja-kerja meratakan tapak dilakukan dengan menggunakan peralatan tradisional secara gotong-royong dikalangan masyarakat kampung.
Menurut mantan Ketua Kampung, bangunan pertama SK. Sipinong siap sepenuhnya pada tahun 1976 dan mula digunakan pada awal tahun 1977. Pejabat Pendidikan Daerah Sandakan menempatkan 3 orang guru dengan murid seramai 34 orang. Bilangan ini mula meningkat pada tahun 1981 setelah Jabatan Perikanan Sabah membina sebuah stesen perikanan di kawasan kampung serta pembukaan ladang-ladang kelapa sawit milik Sime Darby dan FELCRA.
Pada tahun 2008, SK Sipinong mendapat perluasan Kelas Prasekolah dengan sebuah blok konkrit bagi menampung seramai 25 orang murid. Pada tahun 2010, sekolah ini dianugerahkan Sekolah Bai'ah. Bermula dengan sebuah blok kayu, kini SK. Sipinong telah memiliki 2 blok kayu, 1 blok konkrit, 2 blok kabin dan 1 blok prasekolah berserta 5 unit rumah guru dan 2 unit tapak solar dengan jumlah kawasan mencecah 6 ekar.
Dengan adanya pertambahan bangunan blok dan kemudahan lain, SK. Sipinong telah dapat menampung pertambahan kemasukan murid dengan purata 90 orang setahun. Ketika ini enrolmen murid datangnya dari Kampung Sepinong, Kampung Payau, Kampung Tambaha, Ladang Felcra, Ladang Tungku dan Ladang Tigowis.
Bermula tahun 2015, SK Sipinong melangkah untuk menjadi salah satu yang mengharumkan nama PPD Sandakan amnya. Penekanan pembinaan iklim pembelajaran yang kondusif bagi menghasilkan aktiviti pengajaran dan pembelajarandengan lebih efisien telah berjaya membina kemenjadian akademik dengan peningkatan sebanyak 30.36% dalam UPSR 2016 dengan purata peratus lulus tidak kurang daripada 60%. Pembinaan kebitaraan dan watak sukan juga dilakukan seiring, pada tahun 2017 SK Sipinong berjaya tampil sebagai kuasa baharu Sukan Bola Tampar MSSD Sandakan dan mewakili Sabah sehinggi kini.